Manglares hospederos
Las características irregulares de las costas de este humedal, con sus golfos, ensenadas, marismas y desembocadura de ríos, con suelos arenosos o fangosos influenciados por las mareas y que reciben con cierta regularidad agua dulce de las escorrentías, han propiciado el establecimiento de manglares que llegan a alcanzar hasta más o menos 20 m de altura.
Las diferentes especies de mangle han evolucionado y se han adaptado indistintamente a variaciones del relieve y de los sustratos, a cambios en la frecuencia de inundaciones y a diferentes rangos de salinidad y presencia de oxígeno. Estas adaptaciones han propiciado, que los bosques de mangle muestren en Zapata, una disposición característica formando franjas que siguen una secuencia desde el frente marino hasta la tierra firme, donde el Mangle Rojo (Rhizophora mangle) aparece en las zonas casi siempre inundadas por el agua marina, más expuestas al oleaje y con suelos más blandos e inestables, y detrás de él crecen el Mangle Prieto (Avicennia germinans), el Patabán (Laguncularia racemosa) y la Yana (Conocarpus erectus) que por ser una especie menos adaptada a la influencia de las mareas y a niveles altos de salinidad se sitúa detrás de la línea de costa, en mayor contacto con el suelo firme y la vegetación terrestre.
En los lugares donde el sustrato es pobre y el carso aflora cerca de la superficie, las escorrentías de agua dulce son poco perceptibles y los vientos marinos azotan con fuerza, se dan variaciones en la composición y altura de estas formaciones vegetales, por lo que podemos encontrar manglares achaparrados que solo alcanzan entre 30 cm y un metro de altura.
En áreas de la ciénaga, alejadas de la costa, a más de 24 kilómetros tierra adentro, la permeabilidad del carso y las fallas han permitido intrusión salina y se han establecido cayos o franjas de manglares con las especies típicas de la zona costera.
Al estar formados por plantas con muchas ramas y con raíces entramadas, los manglares son idóneos para el apareamiento, cría y alimentación de peces y otros integrantes de la fauna acuática, anfibia y terrestre. Los animales más frecuentes en los manglares de Zapata son: peces, crustáceos y moluscos, la Jutía Conga (Capromys pilorides), la Jutía Carabalí (Capromys prehensilis), el Cocodrilo Americano (Crocodylus acutus), el Cocodrilo Cubano (Crocodylus rhombipher), el Gavilán Batista (Butoegallus gundlachii), la Chillina (Teretristis fernandinae), el Canario de Manglar (Dendroica petechia) y un gran número de aves acuáticas. Esta formación vegetal contribuye al equilibrio del humedal no solo por las interacciones naturales en las que participan al ser hábitat de una gran diversidad biológica, sino porque sirven como protectores de la estabilidad de las costas y como barreras actuando como filtros ecológicos entre los eventos marinos y terrestres.
